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基因组测序技术有哪些
北京科学仪器设备共享服务网    2019-12-11    
关键词:semi-conductor,non-optic(半导体而非光学成像)NextGenerationSequencing的三大平台:Illumina的HiSeq/MiSeq,ABI的Solid,LifeTech的IonPGM/Torrent(话说454算么,通量不高的说)三者都是边合成边测序的(sequencebysynthesize),IonTorrent之所以快且便宜在于检测技术另外两个不同。HiSeq/MiSeq和Solid都是根据每加一个(Solid是加两个)碱基->释放荧光->照相->读取该位置的荧光信息而IonTorrent根据的是PCR反应时,每加上一个碱基会释放一个H离子,导致pH变化;因此IonTorrent采用半导体(semiconductor)技术读取pH变化来辨别序列信息补充一个网上找的表格:价格什么的和我了解的(美西)差不多:IonTorrent大概200~300K,HiSeq600~750K(根据地区,购买时间,和salesrep熟不熟而浮动)而且不考虑library制备时间的话,IonTorrent一个run是8小时,HiSeq一个run是27小时(HiSeq还分fastrun和普通run,基本是3到5天完成一个flowcell)但是呢1.IonTorrent很多参数是预计值,如果没记错的话刚开始他们是说今年年末芯片的通量会达到120Gb,现在变成60Gb了,所以。。。2.准确率这个实在很难说,个人经验是至少对于HiSeq来说100bp(其实70bp左右就下降了)以上就不大能有99%了这张表格就可以看出IonTorrent可以达到测一个人类基因组1000刀(提取DNA,建library另算)。人类基因组3Gb,个人测序经验(还是HiSeq来的,而且是RNA-seq,参考性堪忧。。。)一般70~80%的reads是可比对到refseq;所以呢把错误率(accuracy),可比对性(mappability)都算上的话20X的测序深度(depth)还是有的,这个深度对基因组测序来说可以接受了最后的最后:IonTorrent的发明人JonathanM.Rothberg(同时也是454的发明人,不过已经离开LifeTech)带领的团队也参加了GenomicsXPrize,"thefirstTeamthatcanbuildawholehumangenomesequencingdeviceanduseittosequence100humangenomeswithin30daysorless,withanaccuracyofnomorethanoneerrorinevery1,000,000basessequenced,withanaccuracyrateofatleast98%ofthegenome,andatarecurringcostofnomorethan$1,000(US)pergenome."在30天内,以不超过1000刀一个基因组的价格测100个人(组委会选了100个100岁以上的老人,这是找长寿基因的节奏吧);对于98%以上的序列,错误率不超过1/1,000,000。Illumina木有参加这个比赛哦参考资料:Illumina:http://res.illumina.com/documents/products/techspotlights/techspotlight_sequencing.pdfLifeTech:SemiconductorSequencingTechnologycostsummary:TheIonTorrentProtoncomparedtotheHiSeq2500ArchonXPrize:ArchonXPrize

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